Proje Tanımı:

Bu projede stajyer öğrenciler, floresans mikroskoplar ile yapılan görüntüleme çalışmalarında yaygın olarak kullanılan floresan boya moleküllerinden biri olan Siyanin-5 (Cy5) molekülünün ışıkla etkileşimini teorik olarak inceleyecek ve bu süreçleri bilgisayar destekli yöntemlerle anlamaya çalışacaktır. Siyanin boyaları hücre görüntüleme, sensör teknolojileri ve optik malzemeler gibi birçok ileri teknoloji alanında kullanılan önemli moleküllerdir. Bu moleküller ışık soğurduklarında farklı enerji seviyelerine geçebilir ve daha sonra tekrar ışık yayarak eski hallerine dönebilirler. Bu geçişler esnasında molekül rotasyonel hareket yaparak fiziksel yapısını değiştirmektedir.

Projenin amacı, öğrencilerin moleküllerin ışıkla nasıl etkileştiğini, bu etkileşimlerin enerji seviyeleri ve elektronik geçişler ile nasıl açıklanabileceğini ve bilim insanlarının bu süreçleri bilgisayar simülasyonları ve fotofiziksel modelleme ile nasıl incelediğini öğrenmeleridir.

Staj süresince öğrenciler:

• Moleküllerin ışıkla etkileşimi ve floresans kavramı hakkında temel bilgiler edinecek,
• Cy5 molekülünün yapısını ve özelliklerini inceleyecek,
• Basit bilgisayar tabanlı moleküler modelleme araçlarını kullanarak molekülün yapısını görselleştirecek,
• Işık soğurma ve yayma süreçlerini açıklayan enerji diyagramları oluşturacak,
• Diagramlarla oluşturulan modellerin çözümünü Python yazılım dili kullanarak yapacak,
• Elde ettikleri sonuçları yorumlayarak kısa bir bilimsel sunum veya poster hazırlayacaklardır.

Bu proje sayesinde öğrenciler, görünmeyen moleküler dünyayı anlamak için kullanılan modelleme ve görselleştirme yöntemlerini tanıyacak, aynı zamanda biyomoleküler fizik ve hesaplamalı malzeme biliminin çalışma yöntemleri hakkında deneyim kazanacaklardır.